
El Secretario General de la OACI es el titular de la Secretaría y funcionario ejecutivo principal de la Organización y es responsable de la dirección general de la labor de la Secretaría. Ejerce el liderazgo del personal internacional especializado en el ámbito de la aviación civil internacional. El Secretario General también oficia de Secretario del Consejo de la OACI, responsable ante el Consejo en su conjunto, y lleva a cabo las funciones que le asigna el Consejo, respetando las políticas establecidas. También prepara informes periódicos al Consejo sobre el desarrollo de las actividades de la Secretaría.
La Secretaría se compone de cinco divisiones principales: la Dirección de Navegación Aérea, la Dirección de Transporte Aéreo, la Dirección de Cooperación Técnica, la Dirección de Asuntos Jurídicos y Relaciones Exteriores, y la Dirección de Administración y Servicios. El Secretario General también es directamente responsable de la gestión y la realización eficaz de las tareas asignadas al Despacho del Secretario General relacionadas con finanzas, planificación estratégica, coordinación y asociaciones, supervisión interna, ética y la coordinación de siete oficinas regionales.
El Consejo de la OACI nombró al Sr. Juan Carlos Salazar (Colombia) Secretario General de la Organización con mandato de tres años a partir del 1 de agosto de 2021. El 11 de marzo de 2024, el Consejo de la OACI renovó su nombramiento para un segundo mandato consecutivo de tres años a partir de agosto de 2024.