
Генеральный секретарь ИКАО возглавляет Секретариат и является главным исполнительным должностным лицом Организации, отвечающим за общее руководство деятельностью Секретариата. Генеральный секретарь руководит работой нанимаемого на международной основе персонала, специализирующегося в области международной гражданской авиации. Генеральный секретарь выступает в качестве секретаря Совета ИКАО и подотчетен Совету в целом и, следуя установленным основным принципам, выполняет обязанности, возложенные на него Советом, и представляет Совету периодические доклады о проделанной Секретариатом работе.
Секретариат состоит из пяти основных подразделений: Аэронавигационного управления, Авиатранспортного управления, Управления технического сотрудничества, Управления по правовым вопросам и внешним сношениям и Административного управления. Генеральный секретарь также непосредственно отвечает за организацию и обеспечение эффективности входящей в ведение Канцелярии Генерального секретаря деятельности, связанной с финансами, стратегическим планированием, координацией и партнерскими связями, внутренним надзором, вопросами этики и коммуникации и работой семи региональных бюро.
Совет ИКАО назначил г-на Хуана Карлоса Салаcара (Колумбия) Генеральным секретарем Организации на трехлетний срок, начавшийся 1 августа 2021 года. 11 марта 2024 года Совет ИКАО продлил его назначение на второй трехлетний срок подряд, который начнется в августе 2024 года.